А может всё будет так:
Нам в начале покажут Шепарда (внешность и пол взяты из файла сохранения или по дефолту), лидера, спасителя и восстановителя. Вот только у Лиары закрадываются подозрения, что Шепард не настоящий. Она набирает команду с ГГ во главе и ведёт расследование.
Потом выяснится, что это действительно так, но лже-Шепард не злодей, а использует репутацию "чудом спасшегося" для благих (действительно благих) целей. И тут у ГГ будет сложная моральная дилемма: оставить как есть, но тогда придётся повернуть против Лиары и других соратников (миссии на лояльность прилагаются), или разоблачить самозванца, но тогда разрушиться всё то, что тот успел восстановить.